常规项目：大肠杆菌、大肠埃希氏菌、菌落总数、酵母和霉菌数量、绿脓杆菌、李斯特氏菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、阪崎肠杆菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、商业无菌、金黄色葡萄球菌、产气荚膜梭菌、无菌测试、微生物限量、肠道球菌数、下菌落总数、菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌等；

致病菌：沙门氏菌、单核增生李斯特氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、创伤弧菌、弯曲杆菌属、阪崎肠杆菌、绿脓杆菌、溶血性链球菌、肉毒梭菌、产气荚膜梭菌、蜡样芽孢杆菌、大肠埃希氏O157：H7/NM、致泻大肠埃希氏菌、溶藻弧菌等；

其他：军团菌、乳酸菌、罐头食品的商业无菌、肠杆菌科、嗜渗酵母、粪链球菌、粪大肠菌群、肠杆菌属、厌氧菌落总数、厌氧亚硫酸盐还原菌、需氧嗜温菌芽孢、厌氧嗜温菌芽孢、嗜热嗜酸菌、嗜热菌落总数、白色念珠菌等；